일본에서는 식품안전성 확보를 위해 잔류농약기준을 식품위생법으로 정해 놓고있다. 농산물별로 잔류농약의 허용한도를 정해 놓고 위반된 품목에 대해서는 판매및 유통이 금지된다. 일본국내 농산물뿐만 아니라 수입품에도 적용한다. 지금까지 229종류의 농약을 약 130품목의 농산물별로 약 9천가지의 기준을 정해 놓고 있다. 기준 설정까지의 순서를 보면, ① 동물실험을 통한 독성시험(급성, 발암성 등) ② 일일섭취허용량＝ADI(사람이 일생 동안에 매일 섭취할 수 있는 체중에 대한 kg당 일정양) ③ ADI를 초과하지 않게 잔류농약기준을 설정한다. 잔류농약기준은 각 국가별로 정해져 있다. 예를 들면, 쌀을 주식으로 하는 국가와 그렇지 않는 국가는 하루에 먹는 쌀의 양이 다르기 때문에 농약의 잔류기준도 달라진다. 일본국내에 잔류기준치가 없는 농약은 국제적인 기준으로 안전성을 판단할 수 밖에 없는 것이 현실이다. 해외에서는 사용되고 있으나, 일본국내에서는 기준이 설정되어 있지 않은 농약이 잔류되어 있는 식품의 수입, 유통을 금지하기 위해 후생노동성은 향후 3년 이내에 200가지 농약기준을 제정할 계획이다. (자료 : 오사카농업무역관/일본농업신문)