농산물의 수입이 결정되면 일반적으로 첨부파일과 같은 절차에 의하여 농산물 통관이 이루어진다.  (첨부파일 process.gif 참조)  

농산물이 국내 보세창고 반입되면 먼저 국립식물검역원에 수입식물 신고를 하고, 식품의약품안전청에 수입식품 신고를 한 후 관할세관에 수입신고를 하여 국내로 반출한다.  

식물검역소에서 수입 식물 신고를 할 때 필요한 서류 및 처리기일은 다음과 같다.  

(1) 필요서류

- 선적서류(B/L, C/I, P/L)

- 식물검역증원본(수출국정부발행본)

* 식물검역증상 품명,중량(수량),학명은 필수기재사항임.

(2) 처리기일 및 기타

- 현품상 별다른 이상이 없을 경우 약 2일 소요(사정에 따라 정밀검사등을 실시할 경우 약7일 정도 소요)

- 식물의 경우 수입이 제한되는 품목이 많으니 수입전 반드시 검역소측에 확인하고 업무를 진행하는 것이 좋음

식품의약품안전청에 수입식품검사를 할 때 필요한 서류 및 처리기일 등은 다음과 같다

(1) 필요서류

- 선적서류

- 식품등수입판매업영업신고증

- 사업자등록증

- 한글표시사항

(2) 처리기일

- 서류검사시 약 2일 소요

- 관능검사시 약 3일 소요

- 무작위검사시 약 5일 소요

- 정밀검사시 약 10일 소요(최초 판매용으로 수입하는 경우에는 무조건 정밀검사대상임)

(3) 실적인정기준(동일사, 동일제품에 한함)

- 최초 100KG 이상으로 수입하여 정밀검사를 필한경우 차회 수량에 관계없이 서류검사로 진행

- 최초 100KG 미만으로 수입하여 정밀검사를 필한 경우 차회 100KG 미만으로 수입하는 경우에만
  서류검사로 진행

- 상기 실적인정 기준은 1년간임

(4) 기타

- 식품검사후 불합격 판정을 받은경우에는 반송 또는 폐기절차를 진행해야 함

- 농산물의 경우 수출국에서의 포장장소를 반드시 알아야 함

- 농산물은 정밀검사시 농약잔류검사를 실시

세관의 심사결과 수입신고가 법의 규정에 따라 정당하게 이루어진 것으로 확인된 경우에는 당해물품에 대한 관세 등을 납부하거나 해당 세액에 상당하는 담보를 제공하여야 신고수리가 되어 물품을 반출할 수 있다. 담보를 제공한 경우에는 신고수리 후 15일 이내에 관세를 납부하여야 한다.  

관세와 관련하여 농산물은 품목, 저장상태, 기타 가공공정 여부에 따라 세번 및 세율이 상이하게 적용되므로 사전에 미리 확인하여야 한다.

자료:국립식물검역원